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Natürlich veröffentlicht auch Oracle eine Changelog für VirtualBox, hier fand ich auch folgenden Eintrag
Storage: fixed data corruption after resizing a VDI image under certain circumstances (bug #11344)
und genau das hatte ich vordem Auftreten des Fehlers getan – die Größe der virtuellen HDD für die Windows-Installation verändert. Damit ist auch klar, warum mein Windows danach nicht mehr sauber lief …